A história de Nerja, na sua maioria, ainda se está a descobrir através das Grutas de Nerja, através das pinturas que se estão a encontrar nelas, e ,graças a elas, sabe-se que os primeiros povoadores chegaram aqui na época do Paleolítico ao Bronze. Desde esses dias e até aos dias de hoje, muitos são os episódios que se viveram na zona.

À margem dos descobrimentos da época do paleolítico, do neolítico ou do bronze, existem indícios históricos relativos à Alquería de Nachira que situam-nos na época da dominação árabe, época na qual Nerja dependia de Vélez-Málaga, capital da comarca de Anarquia. Depois de alguns anos sob a dominação árabe, que deixaram como herança o intenso aroma a jasmim e as ruas estreitas, brancas e empedradas, chegou a época da reconquista da comarca. Uma reconquista não muito grande de rebeliões mouriscas, batalhas e traições que teve o seu final no século XVI, século em que também se construiu a Ermida de Nossa Senhora das Angustias, padroeira desta pequena cidade que no ano de 1655 atingiu os 400 vizinhos.
Anos mais tarde, aproximadamente em 1662, mandou-se construir a mando do Rei a chamada torre dos Guardas, que hoje em dia converteu-se no Balcão da Europa. A história do Balcão da Europa tem a ver com o terramoto que assolou a zona em finais do século XIX e com a visita do Rei Afonso XII, que chamou a este local o Balcão da Europa.
Posteriormente, Nerja foi crescendo, melhorando as suas comunicações, ampliando o seu centro urbano, mas 1959 mudou a sua história com o descobrimento das Grutas de Nerja. A partir desse momento, Nerja começou a perceber a necessidade do turismo, o desenvolvimento de infraestruturas não se faz notar muito e hoje em dia é uma das cidades mais turísticas do pais.