De geschiedenis van Nerja is voor het grootste gedeelte bekend geworden door de ontdekkingen in de grotten van Nerja. Door de rotstekeningen die gevonden zijn weten we bijvoorbeeld dat de eerste bewoners van deze streek in de oude steentijd tot de bronstijd. Vanaf deze tijd tot heden hebben vele volkeren in deze omgeving gewoond en is heeft het Nerja interessante ontwikkelingen doorgemaakt.

Aan de muurschilderingen in de grotten hebben archeologen kunnen afleiden dat hier rond de 20.000 jaar geleden al mensen leefden.
Daarna maken we een grote sprong naar de tijd dat de arabieren in deze omgeving heerstten en Nerja bij de gemeente Velez Malaga hoorden. De arabieren hebben het dorp opgebouwd wat nog terug te zien is aan de smalle straatjes en de witte huizen. Daarna werd Spanje deel voor deel terug veroverd door de katholieken. De verovering duurde tot in de 16e eeuw, de eeuw waarin ook het tot vandaag bestaande kapelletje ter ere van Nuestra Señora de las Angustias die de beschermheilige van Nerja is. In het jaar 1655 had Nerja 400 inwoners.
Enkele jaren later, ongeveer in 1662 gaf de koning van Spanje opdracht tot het bouwen van de uitkijktoren Torre de los Guardas, wat tegenwoordig bekend staat als het Balkon van Europa. Deze naam heeft Koning Alfonso XII aan de plaats gegeven toen die een bezoek bracht aan Nerja nadat het door een aardbeving was getroffen in de 19e eeuw.

Nerja groeide flink in het begin van de 20e eeuw, het dorpscentrum breidde zich uit en er kwamen wegen van en naar het plaatsje. Maar de grootste verandering voor Nerja kwam in 1959 toen de grotten van Nerja werden ontdekt. Vanaf dit moment begonnen er toeristen te komen en het dorp moderniseerde om de toeristen op een goede manier te kunnen ontvangen. Er werden goede wegen aangelegd en er begonnen hotels en appartementen te komen.
vandaag de dag is Nerja een leuke plaats om vakantie te vieren, er is van alles te doen maar het is niet zo massaal zoals aan de Costa del Sol.