Il patrimonio naturale di Nerja é un patrimonio importante, nei suoi dintorni troviamo due parchi naturali e le famose grotte di Nerja.
Il Parco Naturale della Sierra Tejeda, Almaza ed Almijara, ed il Parco Naturale Los Acantilados de Maro-Cerro Gordo, entrambi divisi con la provincia di Granada, sono riserve naturali importanti e di rara bellezza.
Peró l'attrazione naturale piú famosa ed importante di Nerja sono le sue grotte.
Si tratta di un gran complesso di caverne carsiche di grande valore scientifico che alberga anche un auditorium naturale dove si tengono spesso concerti e rappresentazioni.