Die Geschichte von Nerja ist verbunden mit den Höhlen von Nerja und mit deren Wandmalereien. Dadurch erkannt man, dass die ersten Siedler zwischen der Altsteinzeit und Bronzezeit diese Gegend bevölkerten. Von damals bis heute ist viel geschehen.

Am Rande der Entdeckungen die man hier aus der Altsteinzeit, Jungsteinzeit und der Bronzezeit machte, gibt es geschichtliche Beweise, die sich auf Alqueria de Nachira, (Epoche der arabischen Herrschaft hier) beziehen. Eine Epoche, wo Nerja abhängig war von der Hauptstadt des Axarquia Gebiets, Vélez-Málaga. Nach jahrelanger arabischer Herrschaft, die als Erbe den Duft des Jasmins, die engen Gassen und die weissgetünchten Häuser hinterliessen, kam die Zeit der Wiedereroberung (Reconquista) des Gebiets. Eine Wiedereroberung durchzogen von arabischer Rebellion, Schlachten und Betrug und welche ihr Ende im 16. Jahrhundert hatte. In jenem Jahrhundert wurde auch die Kapelle der Nuestra Señora de las Angustias, erbaut. Sie ist die Patronin der kleinen Stadt, welche 1655 rund 400 Einwohner hatte.

Jahre später gab der König den Auftrag zum Bau des Torre de los Guardas, der heute der weitbekannte Balcon de Europa ist. Der Name wurde dem Denkmal im 19. Jhd von König Alfonso XII gegeben.

Nerja entwickelte sich immer weiter, verbesserte ihre Verbindungen und das urbane Zentrum und 1959 wurde die Stadt weltbekannt duch die Entdeckung der riesigen Tropfsteinhöhlen. Diese Entdeckung brachte von nun an jedes Jahr eine hohe Anzahl von Touristen in die Stadt, was aus ihr eines der best besuchten Touristenziele Spaniens macht.